高雄市國稅局表示：營業人經採用直接扣抵法按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額者，其進貨屬可直接歸屬免稅貨物或勞務之進項稅額，應不得提出扣抵，否則一經查獲將依規定補稅處罰。

該局指出：依據加值型及非加值型營業稅法第8條第1項第3款規定醫院、診所、療養院提供之醫療勞務、藥品、病房之住宿及膳食，免徵營業稅。又兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項規定兼營營業人帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務之實際用途者，得採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額。

該局表示：營業人基於提升員工福利，經報准衛生主管機關核准設立員工診療所，並已採用直接扣抵法者，其所購置之醫療儀器設備，係可直接歸屬於醫療勞務之進項支出，依規定取得之進項稅額自不得提出扣抵銷項稅額。該局特別提醒營業人如有上述情形者，應儘速向稽徵機關自動補報補繳，否則一經查獲，將依加值型及非加值型營業稅法第51條第5款規定補稅處罰。 會計師